A origem de Alcobaça remonta à época dos celtiberos, passando pelos romanos, que a fundaram com o nome de “Helcobatiae”. É, contudo, no Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça, fundado pelos Monges de Cister, que Alcobaça encontra as suas raízes mais profundas.

A cidade tem uma ligação profunda com D. Pedro e Inês de Castro, cuja trágica história de amor está gravada na tradição local, especialmente no Mosteiro.

O Mosteiro de Santa Maria de Alcobaça é a maior igreja de Portugal e exibe uma arquitetura medieval simples e elegante. Foi fundado em 1178, pela Ordem de Cister, para cumprir o voto feito pelo primeiro rei do país, Dom Afonso Henriques, que quis doar a estes monges uma abadia imponente.

O mosteiro foi terminado em 1223 mas, posteriormente, outros monarcas continuaram a embelezá-lo, como o rei Dom Dinis, que mandou construir o claustro principal, de linhas requintadas, mas mantendo a sobriedade exigida pelos cistercienses.

O monumento foi declarado Património Mundial pela UNESCO e nele também se encontram os túmulos, ricamente ornamentados, do rei Dom Pedro e da sua amante assassinada, Inês de Castro.

Afonso Henriques doou aos monges Cistercienses, a 8 de Abril de 1153, as terras de Alcobaça, com a obrigação de as arrotearem. As doações feitas ao longo dos diversos reinados vieram a constituir um vastíssimo território.

Os monges de Cister chegaram a ser senhores de 14 vilas, das quais 4 eram portos de mar: Alfeizerão, São Martinho do Porto, Pederneira e Paredes da Vitória.

Além da sua atividade religiosa e cultural, os monges de Alcobaça desenvolveram uma ação colonizadora notável e perdurável, ensinando técnicas agrícolas e pondo em prática inovações experimentadas noutros mosteiros, graças às quais arrotearam terras introduziram culturas adequadas a cada terreno. Organizaram explorações ou quintas, a que chamavam granjas, criando, praticamente a partir do nada, uma região agrícola que se manteve até aos nossos dias como uma das mais produtivas de Portugal. 

A cidade de Alcobaça recebeu foral de D. Manuel I em 1514. As outras 13 vilas receberam forais na mesma época.

Em 1567, o mosteiro de Alcobaça separou-se de Cister, a casa-mãe em França, para se tornar cabeça da Congregação Portuguesa, por bula do Papa Pio V.

Em meados do século XVII, a maioria das terras dos coutos de Alcobaça pertencia já aos habitantes das vilas e dos seus concelhos.

Do Património edificado faz parte também o Castelo de Alcobaça, que remonta ao período visigótico. Terá sido conquistado pelos mouros no século VIII e, posteriormente, por D. Afonso Henriques, em 1148. Após o abandono da função como castelo, serviu como prisão. 

Entrou em estado de degradação devido a sucessivos terramotos.

No século XIX, a quase totalidade das pedras da sua muralha foram vendidas pelo Município para a construção de casas particulares. Encontra-se hoje em ruínas.

O município alcobacense é rico em património Natural policêntrico, possuindo, para além da cidade de Alcobaça, as vilas da Benedita, de São Martinho do Porto, de Alfeizerão, da Cela, de Pataias e de Aljubarrota e respetivas freguesias, como centros de referência.

Parte da zona oriental do município está inscrita no Parque Natural das Serras de Aire e Candeeiros (freguesias de Aljubarrota, Évora  e Turquel).

O município conta com zona litoral nas freguesias de Pataias, a norte, e São Martinho do Porto, a sul. Todo o litoral é constituído por arribas, a maioria delas com uma pequena praia na base. A exceção é a concha de São Martinho do Porto, uma baía natural ladeada por dois promontórios de rocha.